Quận thành lập năm 1961, ban đầu gồm 11 phường: An Biên, An Dương, Cát Dài, Đông Hải, Dư Hàng, Hàng Kênh, Hồ Nam, Lam Sơn, Mê Linh, Niệm Nghĩa, Trại Cau.

Ngày 25 tháng 9 năm 1981, chia các phường Lam Sơn, An Dương thành 3 phường: Lam Sơn, An Dương và Trần Nguyên Hãn.

Ngày 20 tháng 12 năm 2002, chuyển 2 xã Dư Hàng Kênh và Vĩnh Niệm thuộc huyện An Hải (cũ) về quận Lê Chân quản lý và đổi thành 2 phường có tên tương ứng.

Ngày 10 tháng 1 năm 2004, chia phường Niệm Nghĩa thành 2 phường: Niệm Nghĩa và Nghĩa Xá; sáp nhập phường Mê Linh vào phường An Biên.

Ngày 5 tháng 4 năm 2007, chia phường Dư Hàng Kênh thành 2 phường: Dư Hàng Kênh và Kênh Dương.

Từ đó quận Lê Chân có 15 phường: An Biên, An Dương, Cát Dài, Đông Hải, Dư Hàng, Dư Hàng Kênh, Hàng Kênh, Hồ Nam, Kênh Dương, Lam Sơn, Niệm Nghĩa, Nghĩa Xá, Trại Cau, Trần Nguyên Hãn, Vĩnh Niệm như bây giờ.